Los habitantes de Albuquerque quedan impactados tras el accidente aéreo del Boeing setecientos treinta y siete al final de la segunda temporada. Walt le confiesa a Skyler White su implicación en el negocio de la metanfetamina, acrecentando tensión en el matrimonio. En un inicio, Walt duda en la rentable oferta de Gus, que implica proseguir «cocinando» mas esta vez a nivel industrial en un super laboratorio con alta tecnología; entonces descubre que Jesse, al salir de rehabilitación, fabrica un lote de metanfetamina azul utilizando las técnicas enseñadas por él, colérico admite la oferta de Gus, mientras que deja a Skyler con los papeles del divorcio firmados que aún lo lista como el distribuidor de servicios financieros para la familia.

Skyler se niega a firmar los papeles, en tanto que, según ella misma, es un accesorio a los crímenes de Walt. No obstante, comienza a trabajar con Saul Goodman para hallar un negocio lícito para encauzar el dinero ganado por Walt sin implicar a su familia. Skyler, enojada por las acciones de Walt empieza una tener relaciones íntimas con su jefe, Ted Beneke. Hank, pese a la orden de ir a El Paso, prosigue a un líder enclenque en el caso “Heisenberg”, y acaba vinculando Jesse y su caravana con la metanfetamina azul.

Walt asiste de forma rápida para advertir a Jesse. Los dos alcanzan un acuerdo, destruir la caravana para no dejar prueba incriminadoras. Hank llega ya antes al depósito de morralla donde la escondían. Walt, con la ayuda de Saul, tiene los derechos de reclamación de Jesse contra allanamientos ilegales, y llama la atención de Hank al decirle que su esposa, Marie, ha sufrido un accidente, Hank se dirige al centro de salud de forma rápida.